Browsing by Author "Akan, Mehmet"

Now showing 1 - 19 of 19
  • No Thumbnail Available
    Item
    Bazı bakteriyel patojenlerin yumurta kabuğundan penetrasyonu
    (2007) Aydın, Nejat; Akan, Mehmet; Sareyyüpoğlu, Barış; Tel, O. Yaşar
    Bu çalışmada, yemeklik yumurta ve embriyolu yumurta kabuğundan insanlar için patojen olan bazı bakterilerin penetrasyonunun belirlenmesi amaçlandı. Araştırmada, tavuklardan izole edilen Escherichia coli, Salmonella enteritidis ve Campylobacter jejuni suşları kullanıldı. Denemeler, biri kontrol olmak üzere 80 yumurtadan oluşan 4 deneme grubunda 3 tekrarlı olarak gerçekleştirildi. Escherichia coli, Salmonella enteritidis ve Campylobacter jejuni suşlarının taze kültürleri, steril svaplarla yumurta kabuklarına sürüldü. Daha sonra yumurtalar farklı depolama koşullarında (kuluçkalık yumurtalar 15°C ve %75 rölatif nem ve yemeklik yumurtalar oda derecesinde) inkubasyona bırakıldı ve inkubasyonun 3., 7., 14., 21. ve 30. günlerinde yumurta kabuğundan, albuminden ve sarısından ekimler gerçekleştirildi. E. coli izolasyonu için ekimler kanlı agar ve MacConkey agara, C. jejuni için modifiye Preston (CCDA) agara yapıldı. Salmonella enteritidis izolasyonu için ise selektif zenginleştirme ve polimeraz zincir reaksiyonu metodu kullanıldı. Farklı günlerde yapılan izolasyon çalışmaları ile, E. coli, S. enteritidis suşlarının 3. ve 7. günde sadece yumurta kabuğundan yapılan ekimlerde izole edilebildiği, C.jejuni’nin ise izole edilemediği belirlendi. Denemenin 14., 21. ve 30. günlerinde yapılan ekimlerde ise kabuğa sürülen etkenlerin hiçbiri izole edilemedi. Yumurta akından ve sarısından hiçbir bakteri izolasyonu yapılamaması, test edilen etkenlerin bu depolama koşullarında yumurta kabuğundan penetre olmadığını gösterdi. In this study, investigation of penetration of some bacterial human pathogens through eggshells of embryonated and market eggs was aimed. In the study, Escherichia coli, Salmonella enteriditis and Campylobacter jejuni strains isolated from chickens were used. Triplicate trials were performed with four groups of 80 eggs, one of which was the control group. Fresh cultures of Escherichia coli, Salmonella enteritidis and Campylobacter jejuni strains were swabbed onto eggshells with sterile swabs. After that, the eggs were incubated at different storage conditions (15°C and 75% relative humidity for embryonated eggs and room conditions for market eggs) and inoculations from eggshells, albumen and egg yolk were performed on 3, 7, 14, 21, 30 days of the trial. Inoculations were made on blood and MacConkey agar for isolation of E. coli and C. jejuni isolations were made on modified Preston agar (CCDA). Salmonella enteritidis was isolated by selective enrichment method and also confirmed by PCR technique. By the help of the isolation studies performed on different days, E. coli and S. enteritidis strains could only be isolated at 3rd and 7th day after inoculations from eggshells, while no isolation of C. jejuni from any of the sites was observed. After the studies performed on days 14, 21, and 30, neither of the inoculated bacteria was isolated. The lack of isolation from albumen and egg yolk showed that these bacteria did not penetrate through the eggshell during the incubation period under the mentioned storage conditions.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Broiler entegrasyonunda salmonella kontrol programı
    (Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2012) Buğdaycı, Nihan Soylu; Akan, Mehmet; Other
    In this study, the aimed to determine the incidence, serotypes and the contaminationsources of Salmonella in production units of broiler integration.The total 51 532 material has been viewed from broiler breeders farms, hatchery,feed manufacturing unit, broiler farms, slaughterhouse and rendering unit. The blood agarused for chicks? organs, filtration used for water samples and the ISO 6579 method usedfor the other materials in isolation of Salmonella.According to the findings of our study, there wasn?t find any positive in breedersunit but Salmonella spp. Isolation was performed in hatchery (0.04%), feed productionunit (0.64%), broiler farms (2.79%), slaughterhouse (22.14%) and rendering (% 2.4)units.The S. Infantis (57.6%) was found the dominant serotype in serotyping. Theother isolated serotypes respectively S. Mbandaka (14.6%), S. Senftenberg (7.1%), S.Virchow (5.6%), S. Kentucky (% 5), S. Bongor (4.7%), S. Tennessee (4%), S.Meleagridis (1.4%), S. Carrau (0.7%), S. Worthington (0.4%), S. Agona (% 0.38), S.Liverpool (0.08%), S. Bredeney (0.08%), S. Livingstone (0.08%), S. Brandenburg (%0.04), S. Cerro (% 0.04), S. Manhattan (% 0.04), S. Newport (% 0.04), S.Bovismorbificans (% 0.04).According to the findings of the study, the high Salmonella positivity inslaughterhouse samples, identified the need for prevention of cross contamination in thisunit. As a result, the implementation of the control of Salmonella in broiler flocks werefound that importance for human health.Key Words: Broiler, control, integration, isolation, Salmonella
  • No Thumbnail Available
    Item
  • No Thumbnail Available
    Item
    Çeşitli hayvan dışkılarında Salmonella etkenlerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle saptanması
    (Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2007) Canpolat, Seyit; Akan, Mehmet; Biyoloji
    In this study, 388 cloacal swab samples were collected from 109 poultry flocks, 106 bovine faecal samples and 107 faecal samples were collected from 27 sheep herds. Total of 601 faecal samples of different animals were examined for the existence of Salmonella spp. in this study. For the isolation of Salmonella, nonselective preenrichment by TPS was followed by selective enrichment by TTB and plating on selective agar XLT4. Suspect colonies were confirmed biochemically and serologically. Salmonella was isolated in 11(10.09 %) of the 109 broiler flocks tested. Of the 12 (3.09 %) Salmonella strain identified from 388 (10 swabs/sample) poultry cloacal swap samples, 9 (75 %) were detected as serogroup B, and 3(25 %) were detected as serogroup D. From the total of 106 bovine faecal samples, 1 (0.94 %) was isolated as Salmonella serogroup B. Salmonella was not isolated from 107 sheep feacal samples collected from 27 sheep herds. Isolates taken from tetrathionate cultures and determined as Salmonella spp. after biochemical and serological tests were also tested by PCR with primers specifically amplifying 606 bp portion of iroB gene. In all of the Salmonella positive cultures Salmonella spp. specific PCR products were detected. In this study, prevalence of Salmonella strains in animal feacal and cloacal swab samples was determined by using conventional technique. As a result, PCR technique is found to be useful for routine examinations of Salmonella in animal faecal samples since all Salmonella spp. isolated samples were confirmed by PCR.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Hayvanlardan izole edilen Bordetella bronchiseptica suşlarının virulens faktörleri ve bağışıklama gücünün saptanması
    (Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2003) Büyüktanır, Özlem; Akan, Mehmet
    Bu çalışmada, köpek, kedi, domuz ve deney hayvanları gibi evcil ve vahşi memeli hayvanlarda ağır seyidi solunum yolu infeksiyonlan oluşturan Bordetella bronchiseptîca suşlannın sahip olduğu virulens aktörleri, bu suşlardaki bazı antijenlerin bakteri tarafindan sentezlenme durundan ve bu antijenlerin bağışıklıktaki rolleri araştırıldı. Farklı kaynaklardan sağlanan 15 adet Bordetella bronchiseptîca susunda, adenilat siklaz-hemolizin (AC-Hly)'in üremenin erken döneminde sentezlenmeye başladığı ve genel olarak suşlarda yüksek değerlere (9,2-17,8 AC ünitesi) ulaştığı, filamentöz hemaglutinin (FHA) proteini sentezinin ise daha geç dönemde ortaya çıktığı ve düşük düzeyde üretildiği (1/2-1/8) belirlendi. B. bronchiseptîca suşlannın çoğunda gözlenen güçlü letal etki ile AC- Hly sentezi arasmda ilişki olduğu görüldü. B. bronchiseptîca suşlannın bakteri lizatı ve üre-ısı-ekstrakte proteini profilleri SDS- PAGE analizinde karşılaştırmalı olarak incelendiğinde, suşlann çoğunda patojenitede önemli olan FHA, AC-Hly, pertaktin, Fim D, 35 kDa protein ve fimbriya proteinlerinin ana bantlar olarak yer aldığı gözlendi. Farelerde tüm hücre aşısı ile yapılan bağışıklaması sonucu oluşan antikor yanıtının üre-ısı ekstrakte proteinleri ile yapılan western-blotting analizinde, FHA, AC-Hly, pertaktin, Fim D, 35 kDa protein ve fimbriya proteinlerine karşı genel olarak belirgin derecede antikor yanıtı oluştuğu belirlendi. Bu bulguların, bütün suşlara ait inaktif hücre aşılan ile bağışıklanan farelerde oluşan yüksek ve çapraz aglutinin düzeyi (1:512- 1:8192) ile virulent suş F415 eprüvasyonuna karşı iyi düzeyde (% 80-100) sağlanan korunma ile de uyumlu olduğu belirlendi. Üre-ısı-ekstrakte proteinden yüksek basınç altında Superdex 75 jel filtrasyon kolonunda tek aşamada saflaştınlan FimD-35 kDa protein-Fim üçlü protein grubunun B. bronchiseptîca suşlannın bağışık yanıt oluşturmasında önemli olduğu belirlendi. Bu protein grubu ile farelerde yapılan bağışıklama sonrasında, serum mikroaglutinasyon türelerinin 1/32-1/256 gibi düşük değerlerde olmasına karşın, 4 LD50 periton içi eprüvasyona karşı bazı suşlarda yüksek oranda (% 100) koruma sağladığı görüldü. Sonuçta, incelenen B. bronchiseptica suşlan arasında önemli antijenik farklılıkların bulunduğu, suşlardan hazırlanan tüm hücre aşılarının iyi bir koruma sağlamalarına karşın, özellikle saflaştınlan fimbriya grubu ile yapılan bağışıklama çalışmalan sonrasında korunma düzeylerinin susa ve doza bağlı değiştiği saptandı.AbstractIn this study, virulence factors of different strains of B. bronchiseptica which is the causative agent of important respiratory diseases in domestic and wild mammalian animals such as dogs, cats, pigs and experimental animals, the synthesis level of some of the antigens by the bacteria and the roles of these antigens in immunity were investigated. Generally FHA was synthesized in later stages and continued at low levels (1/2-1/8) throughout the culture, however, AC-Hly secretion was initiated at early stages of the liquid culture and reached high levels (9.2-17.8 AC unit) at 15 strains of Bordetella bronchiseptica from different origins. Besides, a correlation between the strong letality of most strains in mice and AC-Hly production was determined. When bacteria lysates and urea-heat-extracted protein profiles of B. bronchiseptica strains were analysed by SDS-PAGE, FHA, AC-Hly, pertactin, Fim D, 38 kDa porin protein and fimbriae proteins were shown as major bands at most of the strains. The profile of the antibody response of the mice after immunization with whole-cell bacteria was analysed by western-blotting with urea-heat-extracted proteins and significantly similar antibody response to FHA, AC-Hly, pertactin, Fim D, 35 kDa porin protein and fimbriae proteins occurred at most of the strains. This situation was compatible with the high-cross microaglutination titreş (1:512-1:8192) of the sera from mice immunized with inactive whole cell of all strains and also the high level (80-100%) protection against challenge with the virulent strain F415. The triple protein group consisting of Fim D-35kDa protein-Fimbriae which was purified from those urea-heat-extracted proteins of the strains in a single step by using Superdex 75 gel filtration column under high pressure was determined to be important in the immune response of B. bronchiseptica. Although the serum microaglutination titreş after immunization with this triple protein group were at low values (1:32-1:256), this protein group of some of the strains provided a high protection (100%) against intraperitoneal challenge in mice with 4 LD50 of the virulent strain F415. This protective immune response was found to be associated with the sufficient quantity of each protein present in FimD-35 kDa protein-Fimbriae group. In conclusion, whole-cell vaccines prepared from the strains provided high level protection, however, protection levels after immunization with the purified fimbriae group were determined to be related with the strain and the dose of the vaccine because of the major antigenic differences observed among B. bronchiseptica strains.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Hayvansal ve çevresel kaynaklardan hareketli aeromonas bakteriyofajlarının izolasyonu
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 1999) Mkakosya, Rajhap Sawasova; Akan, Mehmet; Biyoloji
    Isolation of Motile Aeromonad Bacteriophages from Animal and Environmental Sources This research was undertaken to isolate and evaluate the lytic spectrum of motile Aeromonad bacteriophages from animal gut contents and environmental water samples to determine whether the isolated bacteriophages can be used to identify and differentiate motile Aeromonas strains in routine laboratory. Gut contents (n=70) of different animal (birds, sheep and cattle) origins and environmental waters (n=20) (carcas processing, natural and sewage) were used as samples in this study. 15 (16.7%) motile Aeromonas strains [5 (33.3%) A. hydophila, 4 (26.7%) A. schubertii, 3 (20%) A. jandaei, 2 (13.3%) A. sobria and 1 (6.7%) A. caviae] were recovered from the 90 samples. 22 (31.43%) motile aeromonad bacteriophages were recovered from the gut contents and 8 (40%) bacteriophages were isolated from the environmental water samples. The highest isolation ratio (100%) occured in the sewage water samples while aeromonad bacteriophages could not be isolated from the gut contents of five pet birds and the five natural water samples. The lytic spectrums of the bacteriophages were determined by incorporating bacteriophage filtrates into nutrient agar overlays seeded with the respective aeromonas strains. 51 motile aeromonas strains from the cultural collection and 15 strains isolated in this study were used to determine the host range of the bacteriophages. Aeromonas hydrophila bacteriophage recovered from cattle gut content sample showed a great lytic spectrum by infecting 35 motile aeomonas strains tested whereas A. sobria bacteriophage isolated from chicken gut content sample could form plaques only on 6 motile aeromonas strains. In order to evaluate their routine test dilutions (RTD) the bacteriophage filtrates were serially diluted in semi-strength Ringer's solution and the confluent lytic effect of each bacteriophage dilution on individual host strains was observed. The highest bacteriophage titre (confluent lysis formed at 1/128 dilution) was observed on A. hydrophila bacteriophage isolated from cattle gut and the lowest titre (1/32) was observed on most A. sobria bacteriophages. From the results it was concluded that motile aeoromonad bacteriophages are found in different animal and environmental (especially in sewage water) sources and that these bacteriophages show variations in their lytic spectrums and RTDs. However further studies are required to validate the use of bacteriophages in identifying motile Aeromonas strains. Keywords: Aeromonas spp., animal, bacteriophage, lytic spectrum, motile aeromonads. DOKÜMANTASYON MEBKfeü
  • No Thumbnail Available
    Item
  • No Thumbnail Available
    Item
    İnfeksiyöz bursal hastalığının immunofloresan tekniği ile teşhisi
    (2007) Akan, Mehmet; İzgür, Müjgan; Sareyyüpoğlu, Barış
    Bu çalışmada, infeksiyöz bursal hastalığının (IBD) teşhisinde immunofloresan tekniğinin kullanılması, standardizasyonu ve bu teknikte kullanılacak konjugatın hazırlanması amaçlandı. İmmunize edilen tavuk ve tavşan serumları floresein izotiosiyanat ile işaretlendi. Konjugat standardizasyonu için deneysel infekte ve kontrol grubundan hazırlanan preparatlarla yapılan testlerde optimal konjugat sulandırmasının 1:16 olduğu belirlendi. Ayrıca standardizasyon çalışmaları sonrasında indirekt floresan antikor tekniğinin (IFAT) relatif olarak direkt floresan antikor tekniğine (FAT) üstünlüğü saptandı. AGID testinde kontrol grubuna ait örnekler negatif, aşılı ve saha suşu ile infekte edilen gruplara ait örnekler ise pozitif sonuç verdi. AGID’e göre FAT ve IFAT’ın spesifite ve sensitivitesinin %100 olduğu hesaplandı. Saha çalışmalarında, IBD şüpheli 27 kümesin 23’ünde (%85.13) pozitiflik saptandı. Sonuçta, immunofloresan tekniğinin IBDV infeksiyonlarında kullanılabilirliği ortaya konuldu. In this study, use and standardization of immunofluorescence technique for the diagnosis of infectious bursal disease (IBD) infection and preparation of the conjugate that will be used in the technique were aimed. Immunized chicken and rabbit sera were labelled with fluorescein isothiocyanate. In the standardization of the conjugate dilution, optimal ratio was determined as 1:16 after the evaluation of smears prepared from the bursa Fabricius of the control and experimentally infected groups. Indirect fluorescent antibody technique was found to be relatively superior to the direct fluorescent antibody technique after the standardization tests. In the field studies, 23 out of 28 (85.13%) IBDV infected broiler flocks were detected to be positive by immunofluorescence technique. As a conclusion, immunofluorescent antibody technique (IFAT) was found to be useful for diagnosis of the IBDV infections.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Isolation of Clostridium sordellii from abomasum lesions of lambs in Turkey
    (2008) Akan, Mehmet; Sareyyüpoğlu, Barış; Öncel, Taner; Tel, Osman Y.; İlhan, Ziya; Cantekin, Zafer
    In this study, the isolation of C. sordellii from abomasum lesions of lambs and the confirmation of the isolates by polymerase chain reaction (PCR) was attempted. A total of 298 abomasal specimens (swabs) obtained from lambs of 4 to 8 months of age were investigated. Sampled swabs were inoculated onto blood agar plates and incubated anaerobically. Following the incubation grown colonies were identified according to their morphological and biochemical characteristics. C. sordellii was isolated from 17 of 298 specimens (5.7%). These bacteria were also confirmed to harbour C. sordellii DNA by PCR. In conclusion, the presence of C. sordellii in abomasum lesions was demonstrated in Turkey for the first time with this study. Bu çalışmada kuzuların abomazum lezyonlarından Clostridium sordellii izolasyonu ve izolatların polimeraz zincir reaksiyonu ile doğrulanması amaçlandı. Çalışma kapsamında 4-8 aylık yaştaki koyunlardan toplanan 298 abomazumdan alınan svab örnekleri incelendi. Sıvabların kanlı agarlara ekimi gerçekleştirilerek anaerobik ortamda inkube edildi. İnkubasyonu takiben şekillenen koloniler morfolojik ve biyokimyasal özelliklerine göre identifiye edildi. İncelen 298 materyalin 17 (% 5.7)’sinde C. sordellii izole edildi. İzolatlar PCR ile C. sordellii DNA’sı yönünden doğrulandı. Sonuç olarak, bu çalışma ile abomazum lezyonlarından C. sordellii izolasyonu Türkiye’de ilk kez gerçekleştirildi.
  • No Thumbnail Available
    Item
  • No Thumbnail Available
    Item
  • No Thumbnail Available
    Item
  • No Thumbnail Available
    Item
    Kanatlı orijinli salmonella infantis suşlarında virulens genlerinin moleküler analizi
    (Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2017) Karacan, Nurdan; Akan, Mehmet; Other
    Bu tez çalışmasında, Türkiye'de kanatlılardan yaygın olarak izole edilen S. Infantis suşlarının virulens genlerinin varlığı araştırıldı. Ayrıca S. Infantis ile S. Infantis dışındaki diğer yaygın serotiplerin sahip olduğu virulens genlerinin de karşılaştırması yapıldı. Çalışmada, farklı yetiştirme tipine sahip kümeslerin (broiler, damızlık, yumurtacı) altlık, toz, çevresel, haşlama suyu ve kemirici örneklerinden izole edilen 200 adet S. Infantis suşu ile hindi kümeslerinden gönderilen altlık, toz, çevresel, haşlama suyu ve kemirici örneklerinden izole ve identifiye edilen 24 adet S. Infantis suşu incelendi. Ayrıca, S. Infantis suşlarıyla karşılaştırma yapmak amacıyla, S. Typhimurium, S. Enteritidis, S. Kentucky ve S. Hadar suşlarının (kanatlı orijinli) her birinden 10'ar adet suş kültür koleksiyonundan temin edildi. Toplamda 224 adet kanatlı orijinli S. Infantis suşu ile S. Infantis dışındaki diğer yaygın serotiplerden 40 adet olmak üzere toplam 264 suşta virulens genleri araştırıldı. sipA, sipD, sopD, sopB, sopE, sopE2, sitC, ssaR, sifA, spvC ve pefA olmak üzere 11 adet virulens geni, 264 adet S. Infantis suşunda, konvansiyonel PCR yöntemi araştırıldı. İncelenen S. Infantis suşlarının 209'unun (%93,3) sipA, ssaR ve sopE, 208'inin (%92,85) sipD, 207'sinin (%92,41) sopB, 206'sının (%91,96) sitC, 203'ünün (%90,62) sifA, 198'inin (%88,39) sopD, 166'sının sopE2 (%74,1), 20'sinin (%8,92) spvC ve 1'inin (0,44) pefA virulens genlerini taşıdığı belirlendi. S. Infantis suşlarının %74.55'inin 1 ve 2 no'lu gen paternlerinde dağılım gösterdiği tespit edildi. Bu çalışmada sopE2 virulens geni, S. Infantis suşlarında ilk kez araştırıldı. Broiler kümesleri ve karkastan izole edilen S. Infantis suşlarının baskın gen paternlerinde yer alması, damızlık ve yumurtacı kümeslere ait S. Infantis suşlarından hiçbirinin bu paternlerde yer almaması; S. Infantis'in broiler kümeslere damızlık kümesler dışındaki başka çevresel faktörler aracılığıyla girdiğini gösterdi. S. Typhimurium ve S. Enteritidis suşlarıyla karşılaştırıldığında, S. Infantis suşlarındaki sipA, sipD, sopD, ssaR, sopB, sopE, sifA ve sitC genlerinin varlığı benzer bulunurken; sopE2, spvC ve pefA gen varlığında önemli farklılıklar tespit edildi. S. Infantis suşlarında virulensle ilişkili genlerin araştırıldığı bu çalışma; tavuklarda Salmonellozis patogenezi üzerine yapılacak araştırmalara detaylı epidemiyolojik veri sunmaktadır.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Kanatlı orijinli salmonella kentucky suşlarından canlı mutant aşı adayı suşunun geliştirilmesi
    (Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri, 2021) Akan, Mehmet; Other; Veteriner Fakültesi
  • No Thumbnail Available
    Item
    Kedi ve köpeklerden dermatofitlerin izolasyonu
    (2008) Tel, O. Yaşar; Akan, Mehmet
    Bu çalışmada kedi ve köpeklerden alınan materyallerin dermatofitozis yönünden direkt mikroskopik incelenmesi, kültür yöntemiyle etken izolasyonu ve izole edilen dermatofit türlerinin moleküler tekniklerle doğrulanması amaçlanmıştır. Bu çalışma kapsamında toplam 268 materyal dermatofit varlığı yönünden incelendi. Direkt mikroskopik incelemede, incelenen 268 materyalin 39 (%14.5)’unda mantar hifa ve/veya sporları görüldü. Kültür işlemi sonrasında 40 (%14.9) materyalden dermatofit izolasyonu gerçekleştirildi. İncelenen materyallerin orijinleri dikkate alındığında, kedi materyallerinde %42 köpek materyallerinde %7.5 oranında dermatofit izole edildi. İzolasyon amacıyla kullanılan Dermatofit test besiyeri (DTM)’nde, Sabouraud dekstroz agar (SDA)’a göre daha fazla oranda etken izole edildi. İzole edilen etkenlerin hayvan türlerine dağılımı, kedilerde %95.9’u Microsporum canis ve %4,1’i Microsporum nanum; köpekler materyallerinden ise, %50 Microsporum canis, %18.7 Trichophyton mentagrophytes, %12.5 Trichophyton terrestre, %12.5 Microsporum gypseum ve %6.3 Microsporum nanum olarak saptandı. Bu çalışmada kedi ve köpeklerde dermatofitozis görülme sıklığına cinsiyetin etkisinin olmadığı belirlenirken (p>0.05); kedilerde, 1 yaşın altındaki hayvanlarda dermatofitoz görülme sıklığı diğer yaş gruplarındakilere göre önemli bulundu (p≤0.01). Yapılan PCR çalışmalarında, izole edilen tüm suşların dermatofit olduğu ortaya kondu. Sonuç olarak, dermatofitozis şüphesiyle getirilen kedi ve köpeklerden Microsporum canis dominant etken olarak üredi ve izolasyon amacıyla DTM’nin SDA’ya göre daha etkin olduğu saptandı. İzole edilen türlerin doğrulanmasında moleküler tekniklerin teşhiste kullanılabilirliği ortaya konuldu. Ayrıca Microsporum canis’in zoonotik önemi göz önüne alındığında, hayvan sahipleri ve veteriner hekimlerin dermatofit şüpheli hayvanlarla temasta dikkatli olmaları gerektiği sonucuna varıldı. The aim of this study was to investigate the clinical samples obtained from cats and dogs for dermatophyte identification by direct microscopy, dermatophyte isolation by cultural methods, respectively and to confirm these by molecular methods. A total of 268 material was examined for the isolation of dermatophyte. Fungal hyphas and/or spores were observed in 39 (14.5 %) out of 268 materials following direct microscopy. Dermatophyte isolations were achieved from 40 (14.9 %) materials after the culture process. Considering the origins of materials examined, dermatophyte isolation ratios were 42 % in cat materials and 7.5 % in dogs’. Higher isolation rates were achieved on dermatophyte test medium (DTM) than sabouraud dextrose agar (SDA) after studies. The distribution of isolated strains according to the species of animals was determined to be 95.9 % Microsporum canis and 4.1 % Microsporum nanum in cats; 50 % Microsporum canis, 18.7 % Trichophyton mentagrophytes, 12.5 % Trichophyton terrestre, 12.5 Microsporum gypseum and 6.3 % Microsporum nanum in dogs. In this study, no significant effect of sex on dermatophytosis prevalence (p>0.05) was detected in cats, while the prevalences were found to be significant (p≤0.01) in animals (cats and/or) those were smaller than 1 year old compared to the animals of other age groups. It was determinated that all of the isolated strains were determined to be dermatophyte species following PCR studies. As a conclusion, Microsporum canis was the dominantly isolated agent from dermatophytosis suspected cats and dogs and DTM was determined to be more effective than SDA concerning dermatophyte isolations. The feasibility of molecular techniques for confirmation of laboratory diagnosis of isolated strains had been shown. It was also concluded that, owners and veterinarians should be aware and careful when they are in contact with suspected animals, concerning the zoonotical importance of Microsporum canis.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Sığır mastitislerinden streptokok türlerinin izolasyonu ve moleküler tiplendirilmesi
    (Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2010) Çetin, Seyda; Akan, Mehmet
    Bu çalışmanın amacı, mastitisli sütlerden etken izolasyonu ve Streptokokların mastitis etiyolojisindeki rollerini klasik kültür yöntemi ile belirlemek, ayrıca izole edilen Streptokok suşlarının moleküler tekniklerle (polimeraz zincir reaksiyonu; PCR) tiplendirilmesi ve moleküler epidemiyolojilerinin belirlenmesini sağlamaktır.Bu çalışmada incelenen 1135 süt örneğinin 68 (%6)'sinden Streptococcus spp. izolasyonu gerçekleştirildi. İzole edilen suşların 13 (%19,1)'ü S. agalactiae, 14 (%20,6)'ü S. dysgalactiae ve 41 (%60,3)'i S. uberis olarak identifiye edildi. İzole edilen Streptokokların 9 (%13,2)'unda CAMP pozitiflik belirlendi. Tür düzeyinde identifikasyonda kullanılan fenotipik özelliklerine göre özellikle S. agalactiae suşlarında CAMP pozitifliğinin (%30,8) değişken olduğu belirlendi ve Na-hippurat pozitif sonuç veren suşlar S. agalactiae olarak değerlendirildi. Ayrıca S. uberis suşlarında da CAMP pozitifliği (%12,2) saptandı.İzole edilen etkenlerin hemaglütinasyon özellikleri %7,3 oranında bulunurken, S. agalactiae'da %15,4, S.dysgalactiae'de %7,1 ve S.uberis'te %4,8 olarak tespit edildi. Streptokok suşlarında hemoliz özellikleri incelendiğinde; S. agalactiae'de alfa hemoliz %23,1, beta hemoliz %61,5, gama hemoliz %15,4, S. dysgalactiae'de alfa hemoliz %64,3, beta hemoliz %14,3, gama hemoliz % 21,4 ve S. uberis'te alfa hemoliz %75,6, gama hemoliz %24,4 bulunurken beta hemoliz görülmedi.Lancefield serogruplandırmasında, identifiye edilen 13 S. agalactiae suşunun 12 (%92,3)'sinin B grubunda yer aldığı belirlenirken bir suş tiplendirilemedi. S. dysgalactiae suşlarının tamamının C serogrubunda olduğu belirlendi. İncelenen 41 adet S. uberis suşunun 16 (%39)'sı C serogrubunda, 7 (%17,1)'si B serogrubunda ve 6 (%14,6)'sı D grubunda yer alırken 12 (% 9,3) S. uberis suşu serogruplandırılamadı.İzole edilen streptokokların RFLP-PCR analizinde, 68 suşun 9 (%13,2)'u S. uberis,13 (%19,1)'ü S. agalactiae, 14 (%20,6)'ü S. dysgalactiae ve 32 (%47,1)'si S. parauberis olarak identifiye edildi. OPE-04 primeri ile yapılan RAPD-PCR analizinde; S. agalactiae'da 3, S. dysgalactiae'da 2, S. uberis'te 5 ve S. parauberis'te 9 farklı bant patterni saptandı.Sonuç olarak, süt örneklerinden Streptokokların izolasyon ve identifikasyonu için kullanılan konvansiyonel ve moleküler tekniklerle elde edilen bulgular birlikte değerlendirildiğinde, tür düzeyinde identifikasyonda farklılıklar belirlendi. Konvansiyonel yöntemlerle S. uberis olarak identifiye edilen 41 suşun 9 (%22)'u S. uberis olarak identifiye edilirken 32 (%78)'sinin S. parauberis olduğu belirlendi. Bu sonuç, moleküler yöntemlerin Streptokokların tür düzeyinde identifikasyonu için oldukça yararlı olduğunu ortaya koydu.AbstractThe aim of study, isolation Streptococcus spp. from milk samples according to conventional and than evaluate of these samples according to molecular test and detecting of Streptococcus spp. strains. Additionally detection of molecular epidemiology in mastitis cases.In this study, Streptococcus spp. were isolated from 68 of 1135 (6%) milk samples thirteen (19,1%), 14 (20,6%) and 41 (60,3%) strains were identified as S. agalactiae, S. dysgalactiae, S. uberis, respectively. CAMP test was positive for 9 of all Streptococcus spp. (13,2%). The CAMP positive property that used for differentiation of strains was S. agalactiae variable (30,8%) especially for S. agalactiae strains. Additionally, the strains were named as S. agalactiae if they had Na-Hippurate positive results. On the other hand CAMP positive property was found in S. uberis strains (12,2%).Haemagglutination properties were detected 7,3%, 15,4%, 7,1% and 4,8% for isolated strains, S. agalactiae, S. dysgalactiae and S. uberis, respectively. According to haemolysis properties, 23,1% alpha, 61,5% beta, 15,4% gamma haemolysis were observed for S. agalactiae. In S. dysgalactiae strains 64,3% alpha, 14,3% beta, 21,4% gamma haemolysis were detected. Although, 75,6% alpha and 24,4% gamma haemolysis were seen, beta haemolysis was not found for S. uberis.Twelve of 13 strains of were placed into Lancefield serogroup B. One strain of S. agalactiae could not be classfied. All strains of S. dysgalactiae were placed into group C. Sixteen (39%) , 7 (17,1%) and 6 (14,6%) of 41 strains of S. uberis were placed into serogroup C, B and D respectively. But 12 strains (9,3%) couldn?t be classified.Nine (13,2%), 13 (19,1%), 14 (20,6%) and 32 (47,1%) of 68 strains were identified as S. uberis, S. agalactiae, S. dysgalactiae and S. parauberis by using RFLP-PCR analysis method respectively.According to the RAPD-PCR method with OPE-04 primer, different 3, 2, 5 and 9 patterns were identifed for S. agalactiae, S. dysgalactiae, S. uberis and S. parauberis, respectively.Nine of 41 strains were detected as S. uberis and 32 strains were S. parauberis by molecular methods although all strains were evaluated as S. uberis by the conventional methods. This result showed that the molecular methods were beneficial for identification of Streptococcus species.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Sığır ve koyunlarda brucella ve şap aşılarının birlikte uygulanmasının bağışıklık düzeylerine etkisi
    (Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2013) Hancı, İbrahim; Akan, Mehmet
    Buzağı ve kuzularda Brucella ve Şap aşılarının eş zamanlı uygulamasının, farklı zamanlarda yapılması arasında oluşan humoral immunite açısından antikor titrelerinin karşılaştırılmalı olarak araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada yaşları 3-6 ay arasında olan buzağı ve kuzular kullanıldı. Parenteral Brucella ve Şap aşısı 23 adet buzağı ve 105 adet kuzuya uygulandı ve 12 ay süre ile antikor titreleri izlendi. Konjuktival Brucella ve Şap aşısı 91 adet buzağıya uygulandı 2 ay süre ile antikor titreleri takip edildi. Aşılama grupları, her çalışma grubunda hayvanlar üçe bölünerek elde edildi ve bu gruplara tek başına Şap aşısı, tek başına Brucella aşısı ve eş zamanlı 2 aşı uygulaması gerçekleştirildi. Şap aşısının rapellerine aşı prospektüsüne uygun şekilde devam edildi. Buzağılarda Parenteral ve Konjuktival aşı gruplarında maternal antikorlar, Konjuktival aşı grubunda üç buzağı (%1,37) dışında benzer bulundu. Üç buzağı (%1,37) dışında tüm hayvanlarda 1/10 düzeyinin altında bulundu. Buzağılarda ve kuzularda maternal antikorların O ve A tipine göre değiştiği saptandı. Buzağılarda, Parenteral ve Konjuktival aşı gruplarında Brucella antikor titreleri gruplar arasında benzer bulundu. Parenteral Brucella grubundaki 2. ay antikor titresi, simultane grupta elde edilen antikor titresinden yüksek bulundu (p<0.05). Kuzularda ise Parenteral Brucella simultane grubunda 14. ve 28.günlerde, 2., 3., 6. ve 12. ayda alınan kan serumlarındaki antikor titreleri, parenteral brucella grubundaki antikor titrelerinden yüksek bulundu (p<0.05). Buzağılarda, Parenteral ve Konjuktival aşı gruplarında Şap antikor titreleri (O ve A) gruplar arasında benzer bulundu. Kuzularda ise Parenteral Brucella aşı grubunda 2.ayda elde edilen bağışıklık düzeyi simultane aşılama grubunda elde edilen antikor düzeyi arasındaki fark anlamlı bulundu (p<0.05). Ancak daha sonraki ölçümlerde antikor titreleri arasındaki farkın önemsiz bulunması, 2. ayda elde edilen farklılığın dönemsel olduğunu gösterdi. Bu bulgular, buzağı ve kuzularda brucella aşılamalarının şap aşıları ile eş zamanlı uygulanmasının, Brucella ve Şap aşılamalarında elde edilen antikor titreleri üzerine herhangi bir olumsuzluk oluşturmadığını ortaya koydu. Sonuç olarak işletmelerde Brucella ve Şap aşılarının birlikte uygulanmasının uygun olacağı ve özellikle koyunculuk işletmelerinde aşılama programlarının birlikte oluşturulmasının yararlı olacağı belirlendi.AbstractImmunity Levels Effect of Together Implement of Brucella and FMD Vaccines in Cattle and Sheep Our aim search in a manner comparative who antibody titer regarding humoral immunity made up of simultaneous vaccination and different timely vaccination of Brucella and FMD vaccines in calf and lamb. The calf and lamb 3-6 monthly. Parenteral Brucella and FMD vaccines was vaccinated 23 calf and 105 lamb and antibody titer was followed in time with 12 month. Conjunctival Brucella and FMD vaccines was vaccinated 91 calf and antibody titer was followed in time with 2 month. The animals in every working group was splited 3 part. This group was vaccinated alone FMD vaccine, alone Brucella vaccine and simultaneously FMD and Brucella vaccines. FMD vaccine rapels was continued suitably. The maternal antibodies was detected as similar in parenteral group. The maternal antibodies was detected as similar in konjunktival group in calves excluding 3 calves (%1,37). All calves was detected low of 1/10 titer excluding 3 calves (%1,37). The FMD maternal antibodies was detected to change according to O and A type in calves and lamb. The Brucella antibody titers in calves was detected as similar in parenteral and konjunktival vaccine groups. The 2. month antibody titer in parenteral brucella group was detected as high from antibody titer of simultaneous group (p<0.05). The simultaneous group of parenteral Brucella in lambs was detected as high from antibody titer of parenteral Brucella in 14. day, 28. days, 2.,3.,6., and 12., month in antibody titre of blood sera(p<0.05). The FMD antibody titers was detected as similar inter groups in parenteral and konjunktival vaccine group in calves. The immunity level of 2. month in parenteral Brucella vaccine in lambs was detected as significantly according to simultaneous group. But the statistic differentations of lasting groups did not pointless. So the differentation of 2. month was detected as periodic. The those findings determined who the simultaneously vaccination of Brucella and FMD in calve and lamb do not create any a negativeness with regard to antibody titers of Brucella and FMD. As a result simultaneous application of Brucella and FMD vaccinations will be convenient in farms. The implementation of simultaneous vaccination was detected to help in especially sheep breeding farms.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Tavuk ve insan orijinli Salmonella enterica subspecies Enterica serovar infantis suşlarında antibiyotik direnç genlerinin polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile araştırılması
    (Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2018) Akgeyik, Mesut; Akan, Mehmet; Veteriner
    Bu araştırmada, insan ve tavuk orijinli Salmonella Infantis suşlarında antibiyotik dirençliliği ve bazı antibiyotik direnç genlerinin varlığının araştırılması amaçlandı. Çalışmada, insan ve tavuklardan izole edilmiş 150 adet S. Infantis suşu kullanıldı. Suşların antibiyotik duyarlılık testleri Kirby-Bauer yöntemiyle araştırıldı. Siprofloksasin dirençliliği ayrıca E-test yöntemi ile araştırıldı. Antibiyotik direnç gen varlıklarının tespiti Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemi ile gerçekleştirildi. Antibiyogram testi sonucunda, 50 adet insan orijinli suşun, 17(% 34)'si kanamisine, 35(%70)'i trimetoprim/sülfametaksazole, 41(%82)'i tetrasiklin ve sülfonamide, 42(%84)'si streptomisine ve 43 (%86)'ü nalidiksik aside karşı dirençli bulundu. Suşların 1 (% 2)'i kloramfenikole ve 28 (%56)'i siprofloksasine orta dirençli olarak bulundu. Ampisilin, gentamisin, sefotaksim ve seftazidime karşı direnç saptanmadı. Tavuk orijinli suşların, 10 (%10)'u ampisiline, 11(%11)'i kloramfenikole, 49(%49)'u kanamisine, 87(%87)'si trimethoprim/sülfametaksazole, 98(%98)'i sülfonamide, 99(%99)'u nalidiksik asit, streptomisin ve tetrasikline karşı dirençli bulundu. Suşların 93(%93)'ü siprofloksasine karşı orta dirençli olarak saptandı. Gentmisin, sefotaksim ve seftazidime karşı direnç bulunmadı. İnsan orijinli suşların %82'sinde ve tavuk orijinli suşların ise %99'unda çoklu antibiyotik direnci saptandı. Hem insan hemde tavuk orijinli suşlarda yaygın olarak "Na-S10-Te-Sxt-S3" ve "K-Na-S10-Te-Sxt-S3" çoklu antibiyotik direnç profilleri saptandı. Etest yöntemi ile yapılan antibiyotik duyarlılık testlerinde, insan orijinli suşların 43 (%86)'ü siprofloksasine karşı orta dirençli bulundu. Tavuk orijinli suşların 95 (% 95)'i orta dirençli ve 4 (% 4)'ü siprofloksasine karşı dirençli olarak bulundu. Polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile yapılan çalışma sonucunda, tavuk orijinli suşların 62 (%62)'sinde ve insan orijinli suşların 1 (%2)'sinde aphA1 geni tespit edildi. Tetrasiklin dirençli suşların çoğunda tet(A) gen varlığı tespit edildi. Tet (A) geni, insan orijinli suşların 41 (%82)' inde ve tavuk orijinli suşların 98 (%98)'inde tespit edildi. Tet(B) gen varlığı hiç bir suşta tespit edilmedi. Tet(G) geni insan orijinli suşların 25 (% 50)'inde ve tavuk orijinli suşların 63 (%63)'ünde tespit edildi Bu tez çalışmasında, insan ve tavuk orijinli S. Infantis suşlarında farklı antibiyotiklere karşı değişen antibiyotik direnci saptandı. Hem insan hem de hayvansal orijinli bakterilerde, antibiyotik direncinin azaltılması için ulusal bir azaltma programının oluşturulması ve izlenmesi, antibiyotik direncinin kontrol edilmesi için önemlidir. Anahtar kelimeler: Antibiyotik direnç, S. Infantis, disk difüzyon, E-test, PZR
  • No Thumbnail Available
    Item
    Tavuklardan izole edilen Avibacterium paragallinarum suşlarının moleküler tanısı ve tiplendirilmesi
    (Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2009) Güngördü, Sibel; Akan, Mehmet; Veteriner
    Molecular Diagnosis and Typing of Avibacterium paragallinarum Strains Isolated from Chickens The aim of this study was isolation, identification, molecular diagnosis and typing of Avibacterium paragallinarum isolated from broiler, broiler breeder and layer flocks with suspect of a respiratory disease. For this purpose, a total of 500 infraorbital sinus swab samples from 95 farms were examined by both culture and PCR. The swap samples were cultivated on special growth media for isolation and incubated in suitable conditions. After incubation colonies showing typical macroscopic and microscopic morphology were purified and subjected to confirmatory biochemical testing for identification. After confirmed by PCR, Kume reference strains and field isolates of A. paragallinarum were tested by ERIC-PCR for molecular fingerprinting.A. paragallinarum was isolated from 3 (3,15 %) layer flocks of 95 flocks investigated. Therefore, A. paragallinarum isolation was accomplished only from layer flocks. Neither culture nor direct PCR detected any positive chicken amongst broiler breeder and broiler flocks. Direct PCR detected 30 chickens / 11 layer flocks as A. paragallinarum positive. Typing of Kume reference strains and A. paragallinarum isolates by ERIC-PCR revealed different ERIC patterns. ERIC patterns of isolates from same farm were found to be same.In conclusion, higher positive rate obtained by PCR compared with culture from chickens with suspect Infectious coryza, indicated the usefullness and applicability of PCR technique in routine diagnosis of A. paragallinarum. The finding that PCR and culture positive samples originated from only layer flocks showed the importance of the infection to be much more in layer chickens. Obtained results showed that to prevent from loses due to A. paragallinarum infections, control and prevention measures containing vaccinations must be taken accurately